خداشناسان و روحانيان حمله شده بود . اين كتاب سبب شد علامه طباطبايى با تشكيل جلسه‌اى به نقد مادى گرى به طور مطلق و نقد ماركسيسم به طور خاص بپردازد اين جلسه در سال 1330 تأسيس شد اعضاى آن عبارت بودند از آقايان : شهيد مطهرى ، شهيد دكتر بهشتى ، شهيد قدوسى ، شهيد مفتح ، موسى صدر ، ابراهيم امينى ، عبدالحميد شربيانى ، مرتضى جزايرى و جعفر سبحانى ، در اين جلسه انديشه هاى مادى بويژه آنچه ماركسيست ها در زمينه هاى فلسفى ؛ عامل محرك تاريخ ، منتشر كرده بودند ، به تدريج بحث و نقد شد . يكى از نتايج اين جلسه ها ، نگارش كتاب اصول فلسفه و روش رئاليسم است كه ضربه اى سخت بر پيكر ماركسيست ها در ايران وارد آورد و همه بافته هاى آنها را پنبه كرد . حتى پس از انتشار نخستين جزء اين كتاب ماركسيست‌هاى ايران اذعان كردند كه نويسنده ، در نقل مطالب و انديشه هاى آنان كمال امانت را رعايت كرده و كوچكترين تحريفى در آنصورت نگرفته است اين كتاب راهگشاى بسيارى از انديشمندان و محققان ايرانى شد تا آنجا كه به نقد آراى مكاتب الحادى پرداختند و از افكار استاد علامه طباطبايى بهره گرفتند تاكنون هيچ نقدى بر اين كتاب نوشته نشده . علامه طباطبايى با نگارش اين كتاب فاصله عميق ميان دو فلسفه‌ى شرق و غرب را كه در نگاه نخست به چشم مى خورد تا حدودى از ميان بردارد يعنى با مطالعه ى اين كتاب ، درمى يابيم كه مسائل مشتركى ميان هر دو فلسفه وجود دارد كه تنها از نظر عنوان با هم اختلاف و تباين دارند نه از نظر ماهيت و محتوا . مرحوم علامه بااين احساس كه مگرميشود انسان سى سال اجتهاد كند و با قرآن كه منبع اصلى فقه ماست آشنايى نداشته باشد ؟ اينكه علماى ما درگذشته با قرآن سروكار داشته ، تفسير و آيات احكام نوشته اند ، تفسيرقرآن را درحوزه شروع كرد و به عنوان درسى كه لازم است فاضلان حوزه فراگيرند مطرح ساخت . در آن روزگار در فضاى الحاد وميدان دارى روشنفكرى وابسته به بلوك شرق و غرب كسى كه توانست بگويد حوزه حرفى براى گفتن دارد ، علامه طباطبايى بود . غواص اقيانوس معارف استاد حسن زاده آملى در توصيف حالات علمى و معنوى علامه طباطبايى فرموده است جناب علامه طباطبايى آن غواص بحار معارف است كه به عمق مطالب عرشى اسرار حكمت متعاليه جناب صدر المتألهين رسيده بود آن چنان كه خود ، مجتهد در فن بود و همچنين ، به كلمات شيخ الرئيس ؛ چه منطقش و چه فلسفه و چه حكمتش .